潔凈室的分類有很多，但最多的分類方法是按潔凈室的使用性質(zhì)和潔凈室的氣流流型來分。

1、按潔凈室的使用性質(zhì)分為：①工業(yè)潔凈室。例如電子行業(yè)、機(jī)械工業(yè)、化工工業(yè)等用的潔凈室。②生物潔凈室。例如生物制藥、食品、實(shí)驗(yàn)動(dòng)物飼養(yǎng)，潔凈手術(shù)室等。③生物安全實(shí)驗(yàn)室。研究高危害性、傳染性、病菌病毒等微生物的潔凈室。

2、按潔凈室的氣流流型來分：①單向流潔凈室（垂直流向和水平流向）。②非單向流潔凈室。③混合流潔凈室（即單向流和非單向流組合氣流構(gòu)成的潔凈室。）④矢流潔凈室（放射流、對(duì)角流）。